按照國家專項立項要求，第二次青藏科考成果產出將體現為四大體系，分別是科考報告成果體系、國家需求成果體系、國際前沿成果體系、科學傳播成果體系。
在該所當日召開的“第二次青藏科考隊學習貫徹習近平總書記在中央第七次西藏工作座談會、科學家座談會上的重要講話以及劉鶴副總理在國家科考領導小組第二次會議上的講話座談會”上，第二次青藏科考隊隊長、中科院院士姚檀棟強調，第二次青藏科考要做到“四個面向”，面向世界科技前沿、面向經濟主戰場、面向國家重大需求、面向人民生命健康，尤其是最新提出的第四個“面向”，加強氣候變化對未知病毒溯源影響研究，揭示氣候異常導致的環境變化及其與人民生命健康的關系。
國家第二次青藏高原綜合科考于2017年8月在拉薩正式啟動。習近平總書記在啟動式上發來賀信，“聚焦水、生態和人類活動，著力解決青藏高原資源環境承載力、災害風險、綠色發展途徑等方面的問題?！边@是我國時隔40多年再次啟動青藏高原綜合科考。
據介紹，科考成果產出四大體系中，科考報告成果體系包括重大成果科考報告、亮點成果科考報告，預期將產出近200本科考報告；國家需求成果體系包括科學評估與咨詢報告、數據、圖集、樣品、綜合觀測體系、災害預警示范工程與防治科學支撐、示范基地與工程、規劃與區劃等；國際前沿成果體系包括世界一流期刊高水平論文、期刊專輯、英文專著等；科學傳播成果體系方面，將通過科普文章、日志、視頻等十余種方式對科考成果進行科普傳播。
