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本發明提供了一種小球藻免疫活性肽的制備方法，其特征在于，采用高壓均質法聯合纖維素酶/果膠酶酶解提取小球藻蛋白，經特定蛋白酶解液酶解后，超濾膜分離，獲得不同分子量區間的小球藻酶解肽。本發明經特定蛋白酶解液酶解后的分子量范圍為0 ~ 1 kDa的小球藻多肽比其他蛋白酶酶解產物及同一特定蛋白酶解液酶解后的其他分子量大小的多肽產物具備更佳的體外巨噬細胞增殖和吞噬能力，以及促進小鼠遲發型變態反應和小鼠體內淋巴細胞增殖和轉化的能力。本發明依賴于特定蛋白酶酶解液以制得更佳增強免疫力功能的小球藻活性肽，有利于增強免疫力功能保健食品和醫藥產品的開發利用。